Keberadaan Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Diponegoro berawal dari terbitnya Surat Keputusan Rektor Universitas Diponegoro No. 01/SK/PT.09/1985 tanggal 4 Januari 1985 tentang berdirinya Program Studi Kesehatan Masyarakat Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro (PSKM-FK UNDIP). Latar belakang pendirian PSKM-FK UNDIP ini adalah adanya kebutuhan yang mendesak akan tenaga kesehatan masyarakat di Indonesia, terutama oleh Departemen Kesehatan. Studi kelayakan untuk berdirinya institusi pendidikan kesehatan masyarakat dilaksanakan oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan melalui Konsorsium Ilmu Kesehatan (C.H.S.) sejak tahun 1983.
Dalam pengembangannya menjadi fakultas, PSKM-FK UNDIP mendapatkan bantuan dana dari Proyek Pengembangan FKM se-Indonesia yang merupakan proyek kerjasama antara Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan dengan USAID. Keberadaan proyek tersebut sangat dirasakan manfaatnya, terutama dalam hal peningkatan sarana, prasarana dan kualitas sumberdaya manusia (staf pengajar) melalui pemberian dana atau beasiswa untuk kegiatan kursus singkat (short course) dan pendidikan lanjutan (S-2 dan S-3), baik di dalam maupun di luar negeri. Selain itu, proyek pengembangan Fakultas Kesehatan Masyarakat, yang membina lima Fakultas Kesehatan Masyarakat di Indonesia, telah beberapa kali melaksanakan review terhadap kurikulum Fakultas Kesehatan Masyarakat untuk meningkatkan mutu dan menyesuaikan dengan perkembangan kebutuhan pengguna lulusannya.
Setelah kegiatan Proyek Pengembangan Fakultas Kesehatan Masyarakat se- Indonesia berakhir, yaitu pada tahun 1992, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan meneruskan bantuan dana pengembangan pasca proyek melalui Proyek Pengembangan Perguruan Tinggi (P3T) dengan dana After Care Budget.
Dorongan dan bantuan dari Pimpinan Universitas Diponegoro juga sangat besar, khususnya dalam hal pengadaan dan pembenahan sarana dan prasarana, serta peningkatan jumlah maupun kualitas dari staf pengajar dan staf administrasi. Setelah semua persyaratan untuk berdirinya sebuah fakultas dipenuhi, maka pada tanggal 21 November 1993 keluarlah Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 0369/O/1993 tentang berdirinya Fakultas Matematika dan Ilmu Fakultas Pengetahuan Alam (FMIPA) dan Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM) Universitas Diponegoro. Sejak saat itu Program Studi Kesehatan Masyarakat Universitas Diponegoro secara resmi menjadi fakultas sendiri, yakni Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Diponegoro (FKM UNDIP).
Kegiatan belajar mengajar FKM UNDIP pada awalnya dilaksanakan dengan fasilitas yang masih sangat terbatas dan belum memiliki gedung tersendiri. Baru pada Agustus 1997, FKM UNDIP menempati gedung baru, yang awalnya terdiri dari dua bangunan, yaitu Kantor Dekanat dan gedung untuk perkuliahan dengan luas keseluruhan 2.000 m2 (dua ribu meter persegi). Seiring dengan perjalanan waktu, fasilitas yang dimiliki FKM UNDIP semakin lengkap, saat ini telah memiliki 5 unit gedung, yaitu : gedung A untuk dekanat, gedung B untuk perkuliahan, gedung C untuk ruang dosen, dan gedung D untuk perpustakaan, laboratorium komputer, laboratorium terpadu, ruang kuliah sarjana dan pascasarjana, serta gedung E untuk kegiatan
Pada awal pendiriannya, FKM UNDIP (saat itu masih sebagai PSKM-FK UNDIP) hanya menerima mahasiswa S1 2 tahun (Program Lintas Jalur) yang umumnya berasal dari instansi-instansi di lingkungan Departemen Kesehatan. Sejak tahun ajaran 1986/1987 Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Diponegoro mulai menerima mahasiswa lulusan Sekolah Menengah Umum (SMU) melalui jalur Seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru (Sipenmaru) dan Program Seleksi Siswa Berpotensi (PSSB).
Program Studi Ekstensi dari lulusan D-III Keshatan mulai dibuka pada tahun 1997/1998 (untuk Program Strata-1 dengan masa pendidikan 2 tahun), sedangkan Ekstensi dari SMU dibuka mulai tahun 2005. Adapun Ekstensi lulusan D-III kesehatan yang diterima yaitu lulusan AKPER, AKZI, AKL dan D-III HIPERKES serta Akademi Kesehatan lainnya diluar ke-4 akademi tersebut harus terlebih dahulu mengikuti Matrikulasi.
FKM UNDIP hingga saat ini, selain menerima peserta didik dari SMU melalui jalur seleksi umum, juga masih menerima dari tenaga kesehatan lulusan D-III melalui jalur kerjasama antara UNDIP dan Kementerian Kesehatan atau Pemerintah Daerah (PEMDA). Dalam penyelenggaraan jalur kerjasama ini, pada tahun akademik 2001/2002 pernah dibuka kelas Ekstensi khusus kerjasama antara UNDIP (FKM- UNDIP) dengan Pemerintah Daerah (PEMDA) sejumlah Kabupaten (Kabupaten Pekalongan, Banjarnegara, Banyumas, Magelang dan Brebes). Kelas ini dibuka untuk memenuhi kebutuhan daerah Kabupaten/Kota akan peningkatan kualitas para pegawainya khususnya tenaga kesehatan di lingkungan instansi kesehatan dalam rangka pelaksanaan desentralisasi dan otonomi daerah. Pada tahun ajaran 2000/2001, FKM UNDIP juga pernah menyelenggarakan Program Penjenjangan D-3 ke S-2 melalui kerjasama dengan Health Project-V (HP-V) Departemen Kesehatan. Program tersebut dilakukan dengan pola 3 Semester Pendidikan S1 dan 3 Semester pendidikan S2. Adapun kerjasama yang hingga saat ini masih berlangsung adalah MoU antara Rektor dan Kepala Badan Pengembangan dan Pemberdayaan Sumber Daya Manusia (PPSDM) Kementerian Kesehatan tentang penyelenggaran pendidikan lanjut bagi tenaga kesehatan yang bekerja di jajaran Kementerian Kesehatan.
Peminatan/konsentrasi di Program Studi S-1 Kesehatan Masyarakat yang ditawarkan kepada mahasiswa pada awalnya sebanyak 7 peminatan yang merupakan pilar keilmuan kesehatan masyarakat, yaitu: Administrasi dan Kebijakan Kesehatan (AKK), Epidemiologi dan Penyakit Tropik, Biostatistik Kesehatan dan Kependudukan, Kesehatan Lingkungan (KL), Keselamatan dan Kesehatan Kerja (K3), Pendidikan Ilmu Kesehatan dan Perilaku (PKIP) dan Gizi Kesehatan Masyarakat (Gizi Kesmas). Pada Tahun Akademik 2009/2010 bertambah konsentrasi baru, yaitu Kesehatan Ibu dan Anak (KIA) yang pada saat ini masih bergabung di peminatan Gizi Kesehatan Masyarakat, di tahun akademik 2010/2011 dibuka konsentrasi Entomologi Kesehatan yang pada saat ini masih bergabung di peminatan Epidemiologi dan Penyakit Tropik.
Akreditasi terhadap Program Studi S-1 Kesehatan Masyarakat FKM UNDIP pertama kali dilakukan pada tahun 2003 oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia. Dari hasil penilaian pada tahun tersebut, Program Studi S-1 Kesehatan Masyarakat FKM UNDIP mendapatkan predikat Akreditasi B berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) Nomor : 027/BAN-PT/Ak-VII/IX/2003, tertanggal 5 September 2003.
Selanjutnya melalui akreditasi ulang yang dilakukan pada akhir tahun 2007, Program Studi S-1 Kesehatan Masyarakat FKM UNDIP berhasil meraih predikat Akreditasi A berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) Nomor : 033/BAN-PT/Ak-X/S1/I/2008, tertanggal 18 Januari 2008. Dengan capaian ini berarti Program Studi S-1 Kesehatan Masyarakat FKM UNDIP menjadi yang pertama mendapatkan predikat Akreditasi A di antara lima Program Studi S-1 Kesehatan Masyarakat yang pertama didirikan di lima universitas di Indonesia (FKM UI, FKM UNHAS, FKM UNAIR, FKM UNDIP dan FKM USU). Tahun 2013 telah dilakukan akreditasi ulang oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia. Hasil penilaian tersebut, FKM UNDIP masih tetap dapat mempertahankan Akreditasi A berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) Nomor : 192/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/IX/2013 tertanggal 21 September 2013. Akreditasi A tersebut berlaku untuk 5 (lima) tahun, sejak tanggal 21 September 2013 sampai dengan 21 September 2018.
Dalam rangka meningkatkan mutu pelayanan kepada masyarakat dan instansi pengguna lulusan maka pada tanggal 19 Januari 2014 Fakultas Kesehatan Masyarakat telah mendapatkan sertifikat berstandar Internasional Sistem Managemen Mutu ISO 9001-2008 dengan nomor registrasi : 72Q15667 dari Global Certivication. Selain itu, mulai tahun 2013, FKM UNDIP bersama dengan Program Studi Teknik Kimia dan Teknik Mesin UNDIP menyiapkan diri untuk mengikuti program Inisiasi Akreditasi International oleh AUN (Asean University Network) Thailand, yang sudah divisitasi pada 19-23 Januari 2015.